水利部水文水资源工程技术研究中心于2006年4月经水利部批准组建，依託单位为南京水利科学研究院。

中心实行管理委员会领导下的主任负责制。下设办公室、水问题与水安全战略研究部、水信息系统技术套用与开发部和技术交流与培训部。管理委员会是水文水资源中心的最高决策机构，其成员单位由水利部水文局、水利部水资源司、国家防汛抗旱总指挥部办公室、国务院南水北调工程建设委员会办公室政策及技术研究中心、江苏省水利厅和南京水利科学研究院等单位组成。

中心实行“开放、流动、竞争、协作”的运行机制，充分利用南科院在水文水资源领域的特色和技术优势，通过设立流动岗位、开展合作研究、设立开放基金、提供对外服务和人员培训等方式，逐步形成水文水资源领域关键技术研究、技术成果转化和技术推广套用的开放平台和科研队伍，带动行业技术的发展及套用水平的提高。

◆ 为国家制订国民经济和社会发展战略提供水文水资源领域的决策依据

◆ 承担国家重大水工程建设、规划编制和管理运行中与水文水资源领域有关的重大关键课题

◆ 利用新的观测手段和技术，加强水文的套用基础研究

◆ 利用跨学科综合研究手段，加强水资源开发利用和保护的套用研究

◆ 开展流域水沙关係及水环境保护套用研究

◆ 承担流域和地区性水文水资源的科研生产任务，加强技术成果的转化和推广套用

◆ 开展水文水资源领域的国际合作

◆ 培养水文水资源领域的高级技术人才

◆ 水文基础理论及套用研究

◆ 水资源可持续利用理论、技术与巨观战略研究

◆ 水环境与水生态研究

◆ 水文水资源信息技术套用研究与水信息系统开发

◆ 水利工程与流域水沙关係及关键技术研究

◆ 水文水资源和水信息技术的谘询、培训、交流与服务