板蓝根性味苦寒，较适于体内热邪导致的风热感冒，而对风寒等其他类型感冒则不一定适合。人在健康状态下服用板蓝根过多，会伤及脾胃，反而容易引发某些疾病。如果属于体质偏虚寒的人，常感脾胃不和、容易腹泻、身体怕冷，就不适宜多喝板蓝根沖剂，即使服用也不要超过3天。尤其是小孩，脾胃功能尚未健全，多服板蓝根，更容易引起消化不良等症状。另外，过敏体质者要避免使用板蓝根。过敏反应绝大多数为板蓝根注射液所引起的，表现为头昏眼花、气短、呕吐、心慌、皮疹，有时为全身多形红斑型药疹，严重者血压下降而出现过敏性休克，抢救不及时会有生命危险。此外，患有糖尿病的人也不宜服用含糖的板蓝根颗粒剂。

如果长时间大剂量使用，在肝脏的解毒能力下降时，就会引起蓄积中毒，出现消化系统和造血系统损害，如上消化道出血、白细胞减少等。