花甲寺遗址位于萧县城东南约15公里的花甲寺村南，倒流河把该遗址分为东西两部分，西部因村民长期取土、文化层受到严重破坏。东部面积较大，南北宽59米，东西长120米，文化层厚约5米。1961年春，文物普查时发现该处有古代生产工具如石斧、石锛、石凿等。1978年8月试掘。採集到一些石器、骨器、陶器，从出土的器物的形状、纹饰等分析，该遗址属新石器晚期遗址。1961年，公布为省级文物保护单位