持续旅行的小智与皮卡丘一行人，遇到以表演水中神奇宝贝秀而闻名的小码头马戏团的“广美”。从可与水系神奇宝贝心灵相通的“水之民”的后裔广美口中，小智得知在水之民所建造的海之神殿亚克夏里面，藏有被称为“海之王冠”的秘宝。但是，据说人类的眼睛没有办法看到神殿。就在此时，海盗“幽灵”来袭想要抢走广美所持有的蛋。在激烈的争夺之中，蛋突然发出强烈的光芒，被称为玛纳霏的梦幻神奇宝贝，就这样在小遥的手中诞生了。而这只玛纳霏正是能解开神殿秘密的关键。神奇宝贝保育家“阿杰”的任务是护送玛纳霏平安返回神殿。小智他们与阿杰一同航行跟在玛纳霏后面。途中，玛纳霏为了找回小遥被风吹落海里的头巾，而消失在海中。小智他们为了寻找玛纳霏也来到了神殿，此时幽灵突然出现在他们面前。他的目的是神殿内水之民的秘宝。可是当幽灵拿走秘宝的瞬间，天花板突然大量进水，亚克夏也开始沉没。苍海的王子玛纳霏，现在将引发奇蹟。

片尾曲：该守护的东西（守るべきもの）

作词：Yoshihiko Nishio、作曲：Yoshihiko Nishio、编曲：L.O.E 、演唱：Sowelu

《神奇宝贝保育家与苍海的王子 玛纳霏》在日本电影院线自2006年7月15日始，至2006年8月27日止，共上映7周。截至2006年8月27日，电影的票房达到$26,851,324，在日本2006年票房榜上排名第13。

与《梦幻之神奇宝贝 洛奇亚爆诞》和《裂空的访问者 代欧奇希斯》相似，《神奇宝贝保育家与苍海的王子 玛纳霏》引入了一些有趣的喜剧内容（例如火箭队一行人被心灵交换的短片段）来弥补自身情节上的不足，杰克·渥卡这个角色本身同样起到了活跃气氛的作用。

小遥在最后躲入了救生舱。同样地，杰克·渥卡和广美在电影的高潮部分也没能发挥自己的作用。让小智充当救世主的设计再度重现。如若其他人参与其中，力挽狂澜，势必将更为合理。电影的这一情节设计中清楚地表现出了性别歧视——也错失了一个让小遥和小智心灵交换的好机会。

电影的中段存在着大量缺乏意义、缺乏表现目的的剧情，直到最后片长半小时的高潮来临时电影的剧情节奏已有接近片尾之感。如果适当删减，那幺小遥和玛纳霏的剧情也不会像《七夜的许愿星 基拉祈》中的那样相似，而事实上现有的剧情设计使小遥和玛纳霏的分别缺乏感染力。幽灵·杜鲁布、玛纳霏和一众人等间的冲突缺乏吸引力。情节太过平淡，趋于模式化。