斯特凡·巴托里是乔治·巴托里和安娜·巴托里的儿子，伊莉莎白·巴托里的哥哥。舅舅也叫斯特凡·巴托里，是波兰国王。妻子是杜盖特家的芙里琪娜。

1585年被鲁道夫二世任命为大法官。在很长的一段时间，尼尔巴托尔都是当时国家最重要的知识中心，人文主义学者和传教士络绎不绝。1593年-1596年参与了对土耳其的战役。在另一位同名的亲戚斯特凡·巴托里死后，收养了他的一双儿女：加布雷尔·巴托里和安娜·巴托里，还让他们放弃天主教，皈依加尔文宗。

在生命的最后一刻，斯特凡支持博奇考伊发起叛乱。斯特凡最终于1605年7月25日去世。因为没有儿子，养子加布雷尔·巴托里继承了他的家产。