本区属阿里山山脉尾棱，为海拔约80~350米左右的丘陵地，地势东陡西缓，由于地质特殊加上河流侵蚀沖刷，形成不少的恶地地形，气候上属热带季风气候。产业则因全区有九成地区属山坡地保育区，开发严峻，故仍以农业为主、製造业仅有3家厂商，亦有人口外流及老化问题，龙崎区公所位于崎顶里，其山下即为关庙区，距台南市中心亦仅10公里余，许多居民移居以求较好之生活品质。近来则有牛埔泥岩水土保持教学园区、308高地等新兴景点吸引游客探访。

龙崎区旧称“番社”，系因早期平埔族西拉雅族新港社人迁居本区大坪、牛埔一带而得名。

清领时期属台湾县新丰里，道光年间改隶“内新丰里”。

日治时期分内新丰里为两区管理，直到1920年台湾地方改制，取较大聚落龙船及崎顶之字，设定龙崎庄，隶属台南州新丰郡。龙崎庄役场位于番社(伫大坪村)。

1926年5月8日迁至崎顶。战后改设台南县龙崎乡。

2010年12月25日改称龙崎区。

下辖大坪里、中坑里、石石曹里、楠坑里、龙船里、土崎里、牛埔里、崎顶里8个里。