山达基教在1954年由美国科幻作家罗恩·贺伯特创立的“宗教”，没有确定的教义，教会拥有巨额资产并仍在扩张中，而曾经号称的百万信徒却已跌至10万人左右。当罗恩·哈伯德的离世，大卫·密斯凯维吉接任该教教首。可是山达基教两任“教主”都是操控人心的高手，他们的个人魅力由影像资料可见。更重要的是，在漫长而密集的“心灵净化”过程中，教徒们的个人资料被牢牢掌握，亦将成为日后教会控制他们的手段。

山达基教对教徒的恐怖威胁和控制，乃至肉体虐待，强迫他们和家人切断联繫，都将该教直接指向邪教。甚至于连汤姆·克鲁斯和妮可·基德曼的婚姻失败也是由教会插手而造成的。

导演阿莱克斯·吉布内对八位前山达基教徒进行了细緻完整的採访，并将他们的口述作为影片的叙事主轴，此间穿插山达基教头目大卫·密斯凯维奇和好莱坞艺人、山达基教信徒汤姆·克鲁斯和约翰·特拉沃尔塔的公开演讲和媒体访谈。

藉助一些珍贵的影像资料，阿莱克斯·吉布内深入探索了山达基教创始人罗恩·贺伯特的谜团，发现他身上充满了妄想和自负。罗恩·贺伯特初为人知是在19世纪30年代，他是一名多产的科幻小说家。然而在1950年，他出版了《戴尼提》，随后该书便成了畅销书，他在书中首次提出“自助”书籍可以帮助治疗，这些原则直到19世纪70年代都还异常流行。在山达基教中，他用他那套宇宙级忽悠把这些想法当做核心理论包装了起来。他将现实、幻想与追求启示融合起来，而这种融合体现了他情绪的极度不稳定，甚至还体现了他的暴力倾向——片中记录了一次罗恩·贺伯特对妻子谎称孩子死了，然后以此来操纵妻子。同时，罗恩·贺伯特还是一个逃避大量税务的惯犯。

罗恩·贺伯特通过一种叫做“审计”（audit）的入会仪式建立起了山达基教。这种仪式融合了传统的心理治疗环节、天主教的忏悔仪式和乔治·欧威尔作品《1984》中描绘的“101房拜访”。在仪式中，“审计者”对入会者进行发问，并把他们的答案记录在贺伯特发明的一个叫做“E-meter”的装置中，而面试者则会在回答时挖掘自己内心的秘密和创伤。哈吉斯是一位教龄长达35年的山达基教成员，他于2009年的离教。哈吉斯称，“审计”的过程令他心旷神怡，就像把自己内心所有的毒素都一扫而空一样。阿莱克斯·吉布内认为，贺伯特所谓的治疗方法其实只是对弗洛伊德心理疗法肤浅的模仿。在被正规心理医生彻底否定之后，贺伯特开始不屑于把自己的疗法和弗洛伊德扯上关係。然而，影片中提到，山达基教的“审计”和传统的心理疗法有根本性的差别：山达基教会用“审计”时得到的秘密信息来要挟会员，不让他们退教。影片中提到，约翰·特拉沃尔塔之所以还留在山达基教里，正是由于这个原因。至于汤姆·克鲁斯，阿莱克斯·吉布内在片中公开了一段录像——汤姆·克鲁斯在山达基教的船上举行了生日庆典。克鲁斯被认为是一个蒙在鼓里的“忠实信徒”，因为与密斯凯维奇的朋友关係而留在教中，对教内的事情知之甚少。

影片还有包括——美国国内税务局不打算把山达基教当成真正的宗教（故而要交税），密斯凯维奇就让他的数千教员把局里的每个官员都给告了一遍，于是税务局不得不举手投降，将山达基教列入了免税名单。

在阿莱克斯·吉布内的採访中，一直作为密斯凯维奇的左右手活跃在大本营的最中心的马蒂·拉夫堡称：密斯凯维奇通过山达基教带有虐待性质的仪式压迫那些忠于他的行政人员，强迫他们忏悔一些莫须有的罪行，如果不照做就会被他羞辱。

《拨开迷雾：山达基教与信仰囚笼》会让人同情那些山达基教的普通成员，因为他们只是领导者们传教野心的受害者。然而，该片最能引起共鸣的是山达基教本身。它体现了时代的种种潮流：人们渴望消除心中的疑惑、担忧和恐惧，渴望找到一个能够拯救自己的领袖——这些几乎和每个人都有关联。山达基教创始人罗恩·贺伯特那扭曲的天赋，就在于他找到了一种定义并利用现代人不健康灵魂的方法。他确实找对了现代人的痛点，但影片却强有力地证明，他所提出的疗法，只会让一切变得更糟。（《中国日报》评）

从最初的迷恋到最后的醒悟，在交叉剪辑的处理方式之下，影片全面记录了八位受访者有如忏悔赎罪般的心路历程。阿莱克斯·吉布内运用口述历史的方式将一个原本旨在揭穿伪科学宗教的命题上升到对人的本性的探讨，即为何聪明的人们会对这些显而易见、愚蠢至极的事物却如此地坚信不疑。经过与受访者的对谈，阿莱克斯·吉布内为观众拨开迷雾，直指真相的核心。（《当代电影》评）