距离现在20年前，即爱迪奥特曼与由利安奥特曼离开地球的5、6年后，宇宙英雄·奥特曼（初代奥特曼）、赛文·奥特曼、杰克·奥特曼、艾斯·奥特曼，为了阻止异次元人亚布鲁怨念的集合体终极超兽U杀手萨乌鲁斯攻击地球，奥特兄弟与强大的萨乌鲁斯在月面进行了一番苦战，最终萨乌鲁斯坠入神户海底。为了防止萨乌鲁斯复甦，奥特兄弟使用了“终极十字屏障”封印了这股邪恶力量。可是，使用“终极十字屏障”需要使用大量的能量，这就意味着奥特兄弟失去了变身的能力。

于是，时光流逝到了现在。在地球上，诞生了一位继承了奥特兄弟意志的新英雄，他的名字就是梦比优斯·奥特曼。

梦比优斯来到地球的半年后（从回忆中基路伯的出现判定时间是TV版《梦比优斯奥特曼》第20集的3个月后），为了释放出被封印的终极超兽U杀手萨乌鲁斯，宇宙联盟（极恶宇宙人帝国星人、兇恶宇宙人扎拉布星人、分身宇宙人嘎次星人、暗杀宇宙人纳克尔星人）乘坐隐形飞碟来到神户上空。感觉到神户沖海底有异常变动的日比野未来（梦比优斯·奥特曼）前去调查。

协助未来调查的是年轻的天才海洋学家神宫寺彩。她的弟弟高户，曾经非常喜欢奥特战士和GUYS。但是3个月前遇到了怪兽基路伯，开始将自己封闭了起来。未来因为自己也有战斗的阴影，感到非常的难过和心痛。未来变身成梦比优斯打败了宇宙联盟的先锋——帝国星人，心里却感到闷闷不乐，失去了战斗的信心。在失去信心的未来面前，出现了早田进、诸星团、乡秀树、还有北斗星司，传说中的奥特兄弟。4人提醒和鼓励烦恼着的未来，“敌人曾经和自己作战的时候也是这样，或许敌人已经瞄準了未来的‘心’”。

未来与高户做了个约定，“这次战斗如果梦比优斯赢了的话，就接受请求做个‘V字’的胜利手势” 。

但是，奥特兄弟的预感应验了。札拉布星人化身为彩，给未来喝下毒药【之前彩被札拉布星人抓走了】然后变身为假梦比优斯·奥特曼，开始破坏城市，想相信梦比优斯奥特曼的高户再次受到打击。面对这种卑鄙的做法，未来非常生气地变身为梦比优斯奥特曼，挑战假梦比优斯·奥特曼。双方展开激烈的战斗，但这正是敌人的计画……

梦比优斯战败！？重新振作起来，奥特兄弟！

梦比优斯猛烈攻击假梦比优斯，异常愤怒的他失去了冷静，忘记了本该有的战斗方法，浪费了能量。筋疲力尽的梦比优斯，被嘎次星人的分身术玩弄于鼓掌之间。终于，他被钉在了十字架上－－！嘎次星人和纳克尔星人的声音响彻于整个黑暗的天空，他们不断叫嚣着，威胁地球人投降。事到如今，已经没有人能够救地球了吗？

奥特兄弟已经下定决心。为了救人，几乎耗尽所有能量的奥特兄弟变身了，这就意味着－－现在，必须将梦比优斯救出来，四道光芒在天空闪烁。传说中的奥特兄弟，复活！

在奥特兄弟的帮助下，终于救下了被钉在十字架上的梦比优斯，可是紧接着奥特兄弟就被宇宙联盟操控的的飞船放出的光线牵制住了，原来这一切都是宇宙人的阴谋，想利用梦比优斯做诱饵吸引出奥特兄弟，然后抓住奥特兄弟利用他们的能量解开萨乌鲁斯的封印。

得知真相的梦比优斯非常愤怒的向宇宙人发出攻击，却被宇宙人打回原形。眼看着萨乌鲁斯即将复活，城市在宇宙人破坏下陷入火海之中，日比野未来为了搭救正在保护小狗的高户，奋力撑起废墟里压在自己身上的大柱子从而解救高户，得知高户保护小狗的心情，感受到人类对奥特战士的信赖，得到鼓励的未来向正在破坏的宇宙人跑去，变身成梦比优斯站在嘎次星人和纳克尔星人面前，两人还来不及吃惊，便被梦比优斯相继打败，最终梦比优斯顺利救下被钉在十字架的奥特兄弟们，然而还来不及喘息，纳克尔星人阴笑道一切都太晚了，U杀手萨乌鲁斯已经复活了，一道红光从海里冲破云霄，快速下降落到奥特兄弟面前，二十年前被奥特兄弟封印的U杀手萨乌鲁斯此刻正复活成功。纳克尔星人叫嚣有了萨乌鲁斯别说地球，到时候整个银河联邦都属于.......话没说完，便被亚波人操控的萨乌鲁斯放出的光线杀死，紧接着宇宙联盟的飞船也被炸毁了。原来这一切都是亚波人的阴谋，它利用过去侵略地球的宇宙人当做自己复活的棋子，只是没想到精明的宇宙联盟到头来却只是亚波人的走狗。复活后的萨乌鲁斯身高几百米，长长的触角，实力远远比二十年前更强，眼看奥特兄弟一个个被打倒，彩色计时器即将熄灭，神户笼罩在一片黑暗之中，难道人类的命运真的要走上毁灭吗？真的没人拯救地球吗？