目前广州南站捷运站设有2个侧式站台及1个岛式站台，全部设有禁止门。两个侧式站台分别为2号线的2号站台和7号线的3号站台；岛式站台两侧分别为2号线的1号站台和7号线的4号站台。

上述的站台配置使本站成为一个能够提供部分方向跨站台换乘的车站。因此7号线抵站乘客能够直接走到对面站台换乘2号线嘉禾望岗方向列车；而2号线抵站乘客要换乘至7号线则需要绕经站厅。

由于2号线规划已宣告结束，不会再有任何延伸计画，因此在2号线在本站的站后折返线上作出了特别设计：在往石壁方向的一端设一条渡线供列车站前折返；而在往大洲停车场方向的一端，下行路轨与上行路轨之间设有一条单渡线供列车站后折返。同时上行路轨在渡线前方分岔出一条路轨，与上行路轨自身一同进入大洲停车场，两者作为出入段线；下行路轨则直接被中断，该路轨南端为车站设备区，无法再延伸。2号线北端终点站嘉禾望岗站亦是类似设计，因此令本站和嘉禾望岗站都成为2号线的永久起讫站。

7号线方面，往石壁方向一端以及往大洲车辆段一端各设定一组交叉渡线，目前前者供7号线列车进行站前折返，后者供初期7号线在正常运营时进行站后折返。另外，在往大洲车辆段的一端交叉渡线后面设有两条连线正线的出入库线，正线南端尽头亦预留延伸条件，给正在建设中的将进入佛山市顺德区的7号线西延伸线。

7-Eleven

美心西饼

日阅堂

鸿福堂

自动售卖机

本站一共有12个出入口，不过现在只开放了8个。

公交

广州南站总站

288A、301A、303A、309A、番52、番75、番75B、番99、番100、番108、番108B、番110、番129、番145、南64、南64快线、南海快3路、佛K6、 佛K6快线、K334、K330、K990

夜20、夜61、夜79、夜102

广州南站开通之后，分流了部分广州东站、广州站的客流。本站乘客多为前往广州南站乘坐高铁，本站属于广州捷运客流大站。7号线开通后，也有部分乘客选择在此站换乘。

2014年4月10号，广州捷运6个车站会再继续添加文化墙，当中就包括这个站。而这个站添加文化墙的理由是：这个车站是广州门面，同时也是最重要的门户和交通枢纽车站，让外地游客一来首先就从这里留下对广州的最初印象。

佛山捷运2号线

根据规划，佛山捷运2号线亦将设有广州南站，与广州2号线、广州7号线及广州22号线交汇。由于原预留给该线的站台已被广州7号线用于进行拓宽改造扩编，目前佛山2号线车站被迁移至火车南站西广场偏北处建设，同时亦会增建一条换乘通道接入广州2号线、广州7号线车站。

广州捷运22号线

根据规划，广州22号线亦将设有广州南站，与广州2号线、广州7号线及佛山2号线交汇。预计广州22号线车站将设于广州南站东广场南侧的地下，为地下四层的岛式站台车站。目前该车站作为广州南站轨道交通衔接工程的一部分，正在进行工程招标。