1954年8月，新中国开始修筑黎（塘）湛（江）铁路，铁道兵团机关由北京南迁广西贵县（今贵港市）。贵县境内的黎湛铁路路段于1954年9月开工，1955年竣工。贵县火车站位于黎湛铁路K52+839处，1956年7月1日建成交付使用。

数十年间车站经过多次改扩建。至1989年，车站有候车大厅一座（820平方米）、行包房一幢（300平方米）、售票厅一间（50平方米）、客运站台2个、货物站台3个，货物仓库11间（5252.8平方米）。

1988年12月20日，撤销贵县，设县级贵港市，车站改为贵港站。

2006年10月10日，广西壮族自治区政府与铁道部规划建设南宁至广州高速铁路。2007年8月9日，贵港市人民政府、柳州铁路局、中铁二院选定南广高铁贵港段站点及线路走向方案为引入既有贵港站方案，即“沿黎湛贵港段既有线，经部队营房往桂平、平南、梧州”，决定在现车站北面新征305亩土地建设客运大楼及广场。2008年11月9日，南广高铁正式开工建设。

南广铁路站房

2012年9月25日，南广高铁贵港火车站开工建设，总投资1.7亿元。新火车站建筑总建筑面积33035.7平方米，其中站房建筑基底面积10472平方米，站房面积19869.7平方米，高架进站天桥772平方米，雨棚11750平方米，出站地面644平方米。

站前广场规划

2014年1月22日，贵港站黎湛场站改工程竣工，工程将贵港站原有19股道改为黎湛场13股道和南广场7股道两部分，贵港黎湛场为13股道、87组道岔，贵港南广场7股道、23组道岔，实现黎湛-南广车场股道互联，为远期提高运能创造了条件。

2014年4月18日，南广高铁广西段通车，南广高铁贵港火车站正式投入使用。

2014年12月26日，南广高铁全线正式开通运营。

2019年7月10日，南广高铁提速至250km/h.

2014年12月23日，黎湛铁路电气化改造工程开工，其中（港北区）根竹（镇）至玉林段进行局部提速至160km/h的工程改造。贵港站进行站改，新建雨棚、人行天桥、地下通道，连线高铁站房与普铁站台。

2016年6月3日，贵港火车站二站台改造升级后正式启用。改造后的二站台属于高站台，雨棚延伸到五百米，改造后的站台空间也更加开阔，大大方便了旅客的出行。

2016年9月13日12时起，贵港老火车站与高铁站合併，老火车站不再办理客运业务，客运业务全部移至高铁站办理。由此，历经六十载的老火车站（黎湛铁路站房）停止使用，正式退出历史舞台。

2016年12月30日，黎湛铁路贵港（根竹）至玉林段线路提速改造竣工，贵港-玉林段首次开行动车组列车。

2018年6月4日起，贵港站启用便捷换乘通道，持有联程车票的旅客无需出站，可在站内实现无缝换乘。

贵港站拥有南北两个站房。

南站房（黎湛铁路站房）位于江北大道东段518号，面向和平路，与贵港汽车总站相望。当地人通常使用“火车站”、“老（旧）火车站”、“普铁站”等词代指该站房，公交站点名称为“旧火车站”。站房包括候车大厅（820平方米）、行包房（300平方米）、售票厅（50平方米）。该站房已经停止办理客运业务。

北站房（南广高铁站房）位于新华路，通过圣湖路连线金港大道，通过解放路（隧道）连线江北大道。当地人通常使用“高铁站”、“新火车站”等词代指该站房，公车站点名称为“高铁站”。站房包括双层候车大厅（一层4201平方米、贵宾室362平方米，二层 5021平方米）、售票厅（331平方米）、进站广厅（2340平方米）。该站房办理高铁、普铁客运业务。

2014年，分客货运量看，全年铁路旅客运量268.75万人，增长115.35%，铁路货物运量202.18万吨，下降23.41%；公路客运量3325万人，增长4.82%，公路货运量8971万吨，增长7.68%；水路货运量10898万吨，增长20.38%。

2018年4月7日单日旅客传送量创新高

2015年，分客货运量看，全年铁路旅客运量638.46万人，增长137.6%，铁路货物运量159.3万吨，下降21.2%；公路客运量2959万人，下降11%，公路货运量7961万吨，下降11.3%；水路货运量12918万吨，增长18.5%。

据统计，2016年贵港站完成旅客传送量422万人次，排在南柳桂三个大站之后居于南宁铁路局的第四位；2017年预测贵港站完成旅客传送量500万人次，增长18.48%。

2017年国庆、中秋双节铁路运输于昨天圆满收官，9月28日至10月8日，玉林车务段累计传送旅客70.9万人次（日均6.45万人次），同比增幅25.8%。国庆运输期间，贵港站累计传送旅客24.7万人次，同比增长33.4%。

为期40天的2018年春运于3月12日落下帷幕。春运期间，玉林车务段传送旅客203.69万人次，与去年春运同比增长4.31%，实现了首季“开门红”。春运期间贵港站传送旅客71.12万人次。

2018年清明小长假（4月5日至7日）期间，玉林车务段共传送旅客26.36万人次，尤其是4月7日传送旅客11.78万人次，刷新了单日旅客传送量历史记录，管内的贵港、桂平、平南南、兴业4个车站均刷新该站单日旅客传送量记录。贵港站日传送旅客达到4.07万人次。

在区域交通层面，目前贵港市拥有铁、水、公为主的对外交通要素集聚优势，可以形成面向中南、珠三角、南海、北部湾、西南、东南亚六个方向的交通动脉交汇点，交通引导发展特徵显着。尤其在铁路交通方面，南广高铁、黎湛铁路已建设运营，未来还将规划建设贵港-玉林城际铁路、贵港-北海城际铁路，贵港将成为广西铁路网系统的重要枢纽点，而作为国内为数不多的地处城市中心区域的贵港高铁站综合交通枢纽的建设将在贵港市未来的城市发展和区域影响力中发挥至关重要的引导作用。

第一阶段分三期进行，第一期最佳化现北广场公车区域，通过最佳化乘客换乘平台，在满足未来公车使用的前提下增加了公车停车及管理区域；第二期在北广场以西北侧，新建地面一层专用大巴、计程车及非机动车停车场，同时新建地下两层社会停车库，满足社会停车；第三期在高铁站房西侧用地新建长途客运站以及高架进站、出站环路工程。

第二阶段为高铁南广场及南站房建设。

第三阶段为南北站房间高架站房。

东向：广州南、深圳北、珠海、梧州南、玉林

西向：南宁东、昆明南、百色

北向：贵阳北、桂林、柳州

南向：北海

华北：北京、石家庄

华东：上海、杭州、济南、南昌、合肥、厦门

华中：郑州、武汉、长沙

华南：广州、深圳、南宁

西南：重庆、成都、贵阳、昆明

售票厅位于站房西侧，现有人工售票视窗8个，自动售取票机共17台（售票厅内8台，售票厅外9台）。

一层候车大厅直通1站台上车，主要去往广州南、深圳北、珠海方向的动车。

二层候车大厅通过天桥可以到达2~6站台上车，2、3站台主要去往南宁东、北海、柳州、桂林、昆明、贵阳北等方向的动车，4~6站台主要为普速列车和去往玉林方向动车。旅客需由一层候车大厅两侧楼梯去往二层候车大厅。

持有联程车票的旅客无需出站，可在站内实现无缝换乘。由1站台下车的旅客，可直达“便捷换乘候车室入口”进行换乘；由2~6站台下车的旅客，通过地下出站通道可抵达“便捷换乘候车室入口”进行换乘。

旅客到达“便捷换乘候车室入口”后，经工作人员查验票、证、人一致，即可无需出站，直接进入候车室候车。特殊时期或未购买换乘车票的旅客须先出站再进站验票乘车。

乘坐公车时，请认準站点名称“高铁站”，切勿前往“旧火车站”，以免耽误行程。

入站乘客乘坐公车时，公车途经及到终点站均在二层平台下客（二层仅作下客区）。

出站乘客乘坐公车时，出站后需往东行走约150米到达公交站场上车。

市区内所有公车均为无人售票。普通车白天上车1元，晚上8时后1.5元，空调车全天上车2元，部分线路空调车、非空调车混编。支持全国交通一卡通（互联互通卡）、腾讯乘车码。

2018年4月10日调图后，贵港站共有148个车次经过。具体列车车次及时刻表请以铁路部门公布为準。