P99採用枪管短后坐原理，其设计是仿照数十年前SIG Sauer P220手枪上的改进的白朗宁式闭锁机构，通过底把内一块闭锁卡铁与枪管尾部下方的一个斜槽作用使枪管上下摆动而实现开锁和闭锁。瓦尔特公司最早是在P88手枪上使用这种结构，现在又移植到P99手枪上。由于聘请了奥地利格洛克公司的设计师，因此P99在设计特点多少有点GLOCK手枪的影子。