原为国有企业的日本国有铁道由于经营不善，营收赤字经过多年累积，长期负债已达数十兆日圆，致使日本政府开始研拟将其分割、公司化与民营化，以改善经营状况。

1987年4月1日，日本国有铁道依照日本国会所通过的《国有铁道改革法》，分割为七个各自独立的特殊法人——包含六间铁路客运公司与一间铁路货运公司。最初依同一法律成立，仍旧保有七间公司全部股份的特殊法人“日本国有铁道清算事业团”（1998年解散）之后逐步释出所持有的股份，各公司也渐次上市，以实现民营化的目标。目前JR的四家旅客铁道公司（JR东日本、JR东海、JR西日本、JR九州）因营运状况较佳，已经达成全面民营化的目标，其他公司则因仍需国家的补助，仍由日本政府持有全部或多数股份。

目前除了负责货运服务的JR货物仍为全国性经营外，各客运公司大致上皆有固定的管辖地域範围，彼此之间保持着既竞争又合作的关係。

JR各公司除了经营一般铁路线在来线与新干线外，亦经营一般巴士、高速巴士与其他附属事业；另外还有由各公司共同出资经营的“财团法人铁道技术综合研究所”和“铁道资讯系统株式会社”。

JR福知山线出轨事故是发生在2005年4月25日上午9时18分（日本标準时间），于日本兵库县尼崎市，一列西日本旅客铁道（JR西日本）福知山线（官方暱称为“JR宝冢线”）的快速电车因为脱轨撞击路旁公寓大楼而造成107人死亡，562人受伤的重大铁路事故。

福知山线出轨事故

JR羽越本线出轨事故（日语：JR羽越本线脱线事故）是一宗在2005年12月25日时，发生于山形县最上川的铁道事故，一列JR东日本羽越本线的特急电车因为出轨撞击路旁小屋，造成5死33伤。此事故是继JR福知山线出轨事故后，同年内日本第二宗重大铁路事故。

JR日丰本线出轨事故，乃发生于2006年9月17日（星期日）日本当地时间14时05分，一列由别府站开往宫崎空港站的特急列车，受颱风珊珊吹袭影响，于日丰本线南延冈站内出轨并翻侧的严重事故。

福知山线出轨事故

上越新干线脱轨事故为东日本旅客铁道（JR东日本）营运的上越新干线在2004年10月23日下午，因地震而发生的脱轨事故。