该组织于2001年由肯亚、乌干达和坦尚尼亚在阿鲁沙成立，总部也设于阿鲁沙。2004年，三国签订条约，成立关税同盟，于2005年1月生效。2007年6月18日，蒲隆地与卢安达两国正式加入东非共同体，成员国增至5个。