DDBJ(DNA Data Bank of Japan),于1984年建立,是世界三大DNA 资料库之一,与NCBI的GenBank,EMBL的EBI资料库共同组成国际DNA资料库,每日都 交换更新数据和信息,并主持两个国际年会-国际DNA资料库谘询会议和国际DNA数据 库协作会议,互相交换信息,因此三个库的数据实际上是相同的。
基本介绍
- 中文名:日本DNA资料库
- 外文名:DDBJ DNA Data Bank of Japan
- 世界地位:世界三大DNA 资料库之一
- 创立时间:1984年
基本信息
DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号,信息来源主要是日本的研究机构,亦接受其他国家呈递的序列,资料库通过WWW环球网,匿名FTP,e-mail或Gopher方式为广大研究人员服务。
方向
他们开发了SQmateh工具,用来搜寻基因或蛋白质中短的硷基或胺基酸序列区域,并建立了简便且易操作的SOAP(simple object aeeess protoco1)伺服器。它的数据主要通过Sakura和MST工具来完成。与NCBI,EBM共同构成DNA三大资料库,这三大数据中心各自收集序列数据,并通过网路每天进行数据交换。近来三大资料库合作的项目主要包括TPA(tird pannotation)、CON(struct)或CON(tig)和XML数据交换格式的建立。TPA是一种基于已有资料库中的核酸序列产生的注释数据,它的格式与传统的GenBank一样,只是包含了“TPA”标籤。CON(struct)或CON(tig)用于存储一些片段的拼接信息,这些片段是序列长度大于350 000 bp的核酸被分割而产生的,但这种长度限制在2004年6月就被取消。