《CLANNAD》官方漫画是以古河渚为主线，其他角色的线路则被简单化，并且是包括“After Story”的剧情。第0至19话是主剧情，20话后是“After Story”。藤林杏线在第15话，春原阳平线在第16话，坂上智代线在第14话，一之濑琴美线在第13话，伊吹风子线在第17至19话，其余皆为古河渚线，算是弥补了动画中的渚线。

漫画无法详细地叙述其他角色的线路，有的甚至直接跳过。另外，像春原阳平和芽衣的故事则是动画中所未表现的。漫画和动画互为补充。漫画的画风与动画多少有些不同，特别是男主角冈崎朋也。漫画有所不足的是时间顺序缭乱，不过作者在第3卷末尾补充时间表算是弥补这一缺点。

冈崎朋也是一个拒绝与家人交流、不愿留在家里的人。在他幼年时，母亲因故去世，父亲因此整日借酒消愁，原本应该相依为命的两人，却因为不愿去理解对方的痛苦而互相疏远，生活渐渐颓废下来。最终在他国中时，因为一次家庭暴力，而使得父子俩的关係落到了谷底。 从此以后，朋也与父亲行同陌路，两人的关係似乎只能在血缘和法律上得以维持。他每天去上学，但无论是上课还是课余都只是魂不守舍地发獃，终日得过且过地继续着学生生涯。他不参加任何社团活动，也没有深交的朋友，连唯一能和他亲密说话、每晚“收留”他的“朋友”——春原阳平，也无法触及到他心中冰冻的部分……互不干涉对方深藏在心底的痛苦，这是保证他们两人能继续同来同往的底线。 岁月无情地流逝，那在朋也身边仿佛停滞了的时间，也即将迎来终结，就在那长长的坡道之下……

“After Story”主要是讲朋也在毕业后，与渚搬到公寓开始了2人生活。朋也在前辈芳野佑介的帮助下，渐渐熟悉了工作。而渚则因为生病又要补读。朋也为了看到渚的笑脸，跨越了许许多多的挫折。然后，渚毕业后，到一间家庭餐厅工作。不久，渚怀孕了……